从1994年增值税制度全面推行以来，我国根据不同时期经济发展的要求，对增值税制度进行了不断完善，同时强化了征收管理，使增值税在我国税收体系中的地位越来越重要。
1994年以来，增值税制度发生了一些重要变化，包括局部调整了一般纳税人适用的税率，扩大进项税额的扣除范围，提高扣除率，提高增值税的起征点，出台和调整了增值税一些优惠政策等。
从1994年5月1日起，国家把农业产品、金属矿采选产品、非金属矿采选产品的增值税税率由17%调整为13%。规定增值税一般纳税人外购货物（固定资产除外）所支付的运输费用，根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额依10%的扣除率计算进项税额准予扣除，从1998年7月1日起扣除率降为7％。同时规定残疾人员个人提供加工和修理修配劳务，免缴增值税。
为了促进下岗失业人员再就业，减轻个人创业者的税收负担，财政部、国家税务总局发布文件，大幅提高增值税的起征点。从2003年1月1日起，将个人销售货物的起征点由月销售额600元～2000元提高到2000元～5000元；将销售应税劳务的起征点由月销售额200元～800元提高到1500元～3000元；将按次纳税的起征点由每次（日）销售额50元～80元提高到每次（日）150元～200元。
在增值税制度的完善过程中，增值税由生产型转为消费型是巨大的变化。2004年10月14日，辽宁省沈阳化工集团股份有限公司总会计师曹秀英，从沈阳市国税局铁西分局税务人员手中接过一张金额为140万元的税收退还书。该公司成为享受增值税转型好处的第一家企业。
我国1994年推行的增值税制度，属于生产型增值税，在计算增值税时，不允许扣除任何外购固定资产的价款。生产型增值税导致纳税人增值税税负较重。为此，第十六届三中全会《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》提出，要改革增值税制度，实现从生产型向消费型转变。
2003年10月底，中共中央、国务院下发《关于实施东北地区等老工业基地振兴战略的若干意见》，提出了在税收政策方面对老工业基地予以适当支持的政策。
财政部、国家税务总局经过多次调查研究，广泛听取意见，最后报经国务院批准，分别制定下发了《东北地区扩大增值税抵扣范围若干问题的规定》（财税〔2004〕156号）、《2004年东北地区扩大增值税抵扣范围暂行办法》（财税〔2004〕168号）等文件，从而开始在东北地区率先进行增值税由生产型转为消费型的试点。从2004年7月1日起，黑龙江省、吉林省、辽宁省和大连市经过认定的从事装备制造业、石油化工业、冶金业、船舶制造业、汽车制造业、农产品加工业的增值税一般纳税人，通过购进等方式取得的固定资产所含进项税金，可以在当年新增增值税税额中抵扣。2004年12月底，财政部、国家税务总局又制定下发《关于东北地区军品和高新技术产品生产企业实施扩大增值税抵扣范围有关问题的通知》，将符合规定的军品和高新技术产品生产企业纳入增值税转型范围。
增值税转型对鼓励投资，减轻企业税负的作用是显而易见的。在转型的第一年，东北地区总计有40980余户企业通过税务机关的认定，被纳入到扩大增值税抵扣范围试点，办理抵减欠税和退税约21.73亿元。随着投资力度的加大，企业抵扣的进项税额逐年增多，到2006年底实现固定资产增值税抵退88亿元。
2007年5月，财政部、国家税务总局发布《中部地区扩大增值税抵扣范围暂行办法》，规定从2007年7月1日起，山西、安徽、江西、河南、湖北和湖南6个中部省的26个老工业基地城市的部分行业，包括以从事装备制造业、石油化工业、冶金业、汽车制造业、农产品加工业、电力业、采掘业、高新技术产业为主的增值税一般纳税人，试行扩大增值税抵扣范围的试点。2008年7月1日起，内蒙古东部地区5市盟和汶川地震受灾严重地区被纳入增值税转型试点改革范围。
到2007年底，中部6省26个老工业城市的12000多户企业进行了扩大增值税抵扣范围的试点，税务部门总计为这些企业抵退增值税34.5亿元。
1994年全面推行增值税制度后，当年增值税就达到2661.3亿元，占税收总量的52.48%，而营业税收入仅为680.2亿元。增值税首次超越营业税，成为我国收入最多的税种。2008年上半年，不含海关代征的进口货物增值税，增值税达9484.23亿元，占税收总量的31.18%，继续保持我国第一大税种地位。
