为指导和规范注册会计师执行高新技术企业认定专项审计业务，明确工作要求，保证执业质量，满足高新技术企业认定管理工作的需要，中国注册会计师协会适时制定和发布了《高新技术企业认定专项审计指引》（以下简称《指引》），《指引》于2008年11月12日起开始施行。
《指引》制定的背景
近年来，大力发展高新技术产业，用高新技术改造和提升传统产业、培育新兴产业，业已成为举国上下的共识。为鼓励、扶持高新技术企业的创新和发展，2007年3月16日，第十届全国人民代表大会第五次会议审议通过了新的《中华人民共和国企业所得税法》，对高新技术企业所得税税收优惠政策作出具体规定，即国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税。2007年11月28日国务院第197次常务会议通过的《中华人民共和国企业所得税法实施条例》又明确列出了“国家需要重点扶持的高新技术企业”应同时满足的条件。
为做好高新技术企业认定管理工作，2008年，科技部、财政部和国家税务总局联合印发了《高新技术企业认定管理办法》（以下简称《管理办法》）和《高新技术企业认定管理工作指引》（以下简称《管理工作指引》），为建立公平、公正、动态的高新技术企业认定管理机制作出全面部署。《管理办法》和《管理工作指引》均明确要求，在进行高新技术企业认定时，需要企业提交具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表以及近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入的专项审计报告作为申请材料。
为有效配合国家开展高新技术企业认定管理工作，规范和指导注册会计师执行高新技术企业认定专项审计业务，根据财政部领导的指示精神，中国注册会计师协会及时成立专门工作小组，积极沟通和协调相关部门，组织有关专家起草《指引》并组织专家论证，广泛征询各界意见，使《指引》于2008年11月正式发布。
《指引》实施的意义
在《指引》发布实施前，注册会计师主要依照《中国注册会计师审计准则第1601号—对特殊目的审计业务出具审计报告》实施高新技术企业专项审计业务。但该项准则适用于所 有的特殊目的审计业务，原则性较强。
而高新技术企业具有较强的行业特色，与一般企业存在较大的不同，从业经验各异的注册会计师在风险的评估判断上，以及针对评估的重大错报风险而设计的进一步审计程序上就可能出现较大的出入，从而最终影响高新技术企业专项审计工作的质量。
对此，《指引》紧密联系高新技术企业认定专项审计业务的特点，为注册会计师在高新技术企业认定专项审计工作中准确理解和把握相关政策、明确专项审计工作流程、统一专项审计报告格式与内容等提供了直接的技术规范和实务指导。
《指引》的发布实施，对支持会计师事务所从事高新技术企业认定专项审计业务，充分发挥注册会计师的特有专业优势，保证执业质量，增强申报企业财务信息可信度，从而更好地服务于高新技术企业认定工作，具有重要的指导作用和较强的现实意义。
《指引》解决的问题
《指引》内容丰富，主要解决了以下问题：
1．注册会计师执行高新技术企业认定专项审计业务的总体要求。包括 注册会计师执行业务时应当遵循的职业道德要求、申报企业管理层和注册会计师的责任、审计目标以及《指引》的适用范围等。
2.如何计划审计工作和进行风险评估。包括总体审计策略的制定、具体审计计划的制定和修改，以及通过对申报企业及其环境的了解进行重大错报风险的评估等。
3．如何了解申报企业的内部控制。《指引》在简要介绍了申报企业的内部控制要素的基础上，重点以业务流程为主线，通过示例的形式说明了注册会计师如何了解、评价申报企业与研究开发费用和高新技术产品（服务）收入相关的控制活动及信息系统。
4．如何对研究开发费用和高新技术产品（服务）收入实施进一步审计程序。包括注册会计师应当如何实施控制测试，以测试控制运行的有效性，以及如何设计、实施实质性程序，以发现认定层次的重大错报。
5．专项审计报告的格式与内容。
《指引》详述了专项审计报告的要素、专项审计报告的五种类型。同时对出具专项审计报告时的特殊考虑也做出说明。为便于操作，在附录中，《指引》还列示了标准专项审计报告和非标准专项审计报告的参考格式。
