为了进一步加强海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）的增值税抵扣管理，税务总局近日下发了《关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的通知》（国税函[2009]83号）文件，决定自2009年4月1日起在河北省、河南省、广东省和深圳市试行进口增值税“先比对后抵扣”的管理办法。
文件规定，自2009年4月1日起，试点地区的增值税一般纳税人进口货物取得属于增值税扣税范围的海关缴款书，应当在开具之日起90天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对，逾期未申请的不予抵扣进项税额。
每月申报期内，税务机关向纳税人提供上月《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》。对稽核结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核结果的当月申报期内申报抵扣，逾期不予抵扣。对稽核结果为不符、缺联、重号的海关缴款书，属于纳税人数据采集错误的，纳税人可在税务机关提供稽核结果的当月申请数据修改，再次稽核比对，税务机关次月申报期内向其提供稽核比对结果，逾期未申请数据修改的不予抵扣进项税额；对不属于采集错误，纳税人仍要求申报抵扣的，由税务机关组织审核检查，经核查海关缴款书票面信息与纳税人真实进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期不予抵扣。
税务总局要求纳税人在 “应交税金”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算纳税人已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税金待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目；稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，应借记“应交税金应交增值税(进项税额)”专栏，贷记“应交税金待抵扣进项税额”科目。经核查不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税金待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
为了适应这一新规定，税务总局还对增值税纳税申报表做了相应修改。
